VisualC++6.0を使って一人でプログラムを作っているのですが、
だんだんとソースファイルが増えてきて60個ぐらいになりました。
これらのファイルは1つのフォルダに入れているのですが、
ファイル名の衝突が気になり始めました。衝突を防ぐ方法として
次の二つの方法を思いつきました。

(1) ファイル名にサフィックスやプリフィックスを付けるなどして
名前が重複しないようにする。(今まで通り、1つのフォルダに全て
のソースファイルを入れる。)

(2) ファイルをフォルダに分けて管理。

ソフトウェア開発の現場では多数のソースファイルをどのように
管理していますか？アドバイスをお願いします。