>>220.221
すいません、正確には
RandomAccessFile bin1 = new RandomAccessFile(new File(FileName1),"r");
RandomAccessFile bin2 = new RandomAccessFile(new File(FileName2),"r");

if(bin1.length()>=bin2.length())
c=bin2.length();
if(bin1.length()<bin2.length())
c=bin1.length();
としており、long型のcに短い方のファイルサイズをいれたいのです。。
この部分に問題があるのは確かなのですが・・。