文字化けじゃなくて、「ある行以降を読み込まなくなる場合がある」です。
TortoiseSVNは本家日本語パック適用済み。

1000行のファイルAを変更してA'になったとき、A'の400行目に日本語があると、
TortoiseMergeでA'の400行目からを読まなくなり、Aの400行目以降が削除されたように
見えるという現象。

400行目を削除すると、ファイル全体が読み込まれるようになるので、この行で
使われている文字のどれかが問題なのかと思ったら、A'の最初の100行くらいを
削除したらA'のファイル全体を読み込むようになったりして、再現可能な外に出せる
ファイルを作成することができないんです・・・