unix系なら、作ったファイルが body.data だとして、ヘッダとくっつけて whole.data を作るならこれでもできる。
system("echo header | cat - body.data > whole.data");
# popen("cat - body.data > whole.data", "w")の方が楽かも知れず。

つーか、fopen("w")した直後にヘッダを書くだけじゃん。