Java はクライアント側で動いて、ユーザからの操作をリアルタイムに受け付けることが可能。
php と perl はサーバ側で動く。所謂 CGI に使って、フォームを使った操作を基本とする。
php と perl のどちらを使うかはまあ趣味じゃね？