バッチスケジューラも作るの？

作らないなら、特にフレームワークはいらないと思うけど。
DBアクセスのところだけ、iBatisかDbUtilsでも使えば？
後は、起動部分は自分でミニフレームワークでも作って、
引数の扱いや例外処理、ログなんかを共通化して。

Webアプリに付随したバッチ処理なら、Webサービスで窓口作ると良いかもね。
デプロイが一括で出来るし、HTMLで叩けるから、ロードバランサで負荷分散とか出来るし。
でも、せいぜい1,000件なら負荷分散の必要は無いかな。