何をぶち切れてるのか知らないけど、下のコードでtest.jpgは黒く塗り潰されたよ。
ImageもGraphicsも触ったのは初めてだけど、MSDNライブラリ見てったらすぐにサンプル見つかったよ。
Graphicsクラスの概要に「イメージ、ビットマップ、アイコン、およびメタファイルの操作」ってリンクがあるから
そこの「方法 : 実行時にビットマップを作成する

Image imageFile = Image.FromFile("sample.jpg");
Graphics newGraphics = Graphics.FromImage(imageFile);
newGraphics.FillRectangle(new SolidBrush(Color.Black), 100, 50, 100, 100);
newGraphics.Dispose();
imageFile.Save("test.jpg");


IDない板だし「は？」とかだけじゃ誰が何を言いたいのかさっぱりわからない。
はたから見てるとどういうやりとりなのか全くわからなかったから、スルーしてたんだよ。

ちゃんと誰で何を言いたいのかわかるようにしてたら、とっくに解決してたと思うけどね。