単純なプログラムミスとかないか？
Console.WriteLine("{0} {0}", Application.ProductVersion); とかやってたりして。

AssemblyFileVersionは 1.0.0.0 の形式になってなくてもエラーにはならない。
[assembly: AssemblyFileVersion("ほげら")]　もOK
[assembly: AssemblyFileVersion("1.1  1,1")]　とうぜんこれもいける。