なぜ混ざってしまうのか、よくわからないのです。

元々、sjisのhtmlファイルを、w3mというテキストブラウザで dump したテキストなんです。
それを nkf でチェックすると utf8 で通るのですが、
emacs でいじると sjis にコード変更されてしまう状態です。

今のところ、混ざっているキャラクターは一つなので、
>>832で書いたように、 use utf8; をコメントアウトして s/\xe2\x80\x94/−/g; で、
置換できています。
この方法は、Perlにバイナリと認識させていることになるでしょうか？