妙なネイティブライブラリがクラッシュして全部巻き込まれるのはアプリケーションサーバでも同じだな。
それ対策のためにわざわざ RMI→JNI 経由して COBOL 呼ぶ設計をしたことがある。
IBM なんかそういうフォールトトレラントの研究はしてそうだが WebSphere にも実装されてないな。