>>11
jarだけ守れればいいなら、

1.ネームベースのバーチャルホストなドメインにjarを置く。
IPアドレス使ったURL(http://123.4.5.6/foo.jarとか)ではそのドメイン内のファイルにアクセスできないことを確認しておくこと。
2.さらに、今まで同様に接続元IPアドレスでの制限をする。

の2つをやっとけばいいかな。
jamやHTMLは同じドメインでも別のドメインでも構わない。

jamやHTMLも守ろうとすると、別の方法になるんだけど…。
詳細やヒントにならないようにしつつ書くのだと、自分にはこれで精一杯であります!