今まで1つのファイルでやってきた、ってことかな
Javaでは1ファイル1クラスが基本(ネスト・インナークラスのぞく)だから、
そうなってないんなら複数ファイルに分割したほうがいいよ

あと、CUIかGUIかは分からないけど、
GUIならGUI自体のコードとロジック部分は分離しとくべき