要素にシーケンス番号でも付けて 10 進数 3 桁ずつでもディレクトリにすりゃ良いじゃん。
シーケンス番号の最大値が事前に分かれば何階層まで作ればいいかわかるだろ。

最大: 10,000,000,000,000,000L
番号: 　　 12,345,678,901,234L → 000\012\345\678\901\234.txt