「蟲」という字はnkfライブラリだと正しく変換できないのですか？
iconvはうまくいくようです。
ruby側に問題があるの？
それともnkf側に問題があるの？

require 'iconv'
require 'nkf'
a = "蟲"
NKF.nkf('-s', a)     #=> ""
NKF.nkf('-s', a).size     #=> 0
Iconv.conv('SJIS', 'UTF-8', a)    => "?"
Iconv.conv('SJIS', 'UTF-8', u1).size     => 2

UTF-8環境です。
ruby 1.8.6 (2007-03-13 patchlevel 0) [powerpc-darwin8.9.0]