自己解決しました。
何度か再起動していたらいつの間にかうまく行くようになっていました。
今後同様の症状に困った方の解決策を見つけられずにすみません。

一応その後やったことを列挙しておきます。
起動オプションに  -J-XX:+AggressiveOpts 追加
Substance NetBeans Modules プラグインのインストール
プラグインの更新

です。