バージョン管理ツールで、ブランチを切っておく。

バージョン管理ツールが分からない場合は、
CVS,Subversion,Mercurial,git,darcs,bazaar あたりでググって下さい。

Netbeansのサポートが厚いのは、CVS,Subversion,Mercurialだと思われ
Netbeans自体の管理が、Mercurialで行われてるので
今後、Mercurialが伸びてくるでしょう。