データソースやJMSとかJTAとかログ等全部自前で用意してお膳立てしてあげるか
AP鯖にまかせて開発の楽をするか

もともと商用鯖しかほとんどなかったとかEJB2.1までは使い道がなかったとか
IDEのJavaEE対応も商用しかなかったというのが大きいな

ボーランドASやWebSphereにくらべるとGlassfishの快適なこと・・・
設定ツールもシンプルで使いやすいしね

ところでTomcatの管理ツールって6.0でも存在する?
5.5まではあったんだけれども