ディレクトリ配備だと生成したクラスをすぐ実行すると思う
少なくともtomcatはそう

ただ、glassfish使ってear開発するならディレクトリ配備はやめたほうがいいと思う
tomcatでもディレクトリ配備は欠点も多いので注意してね

でも普通にF6実行でそんなに時間かかる?
どういう構成なのかとかわからないからなんともいえないけど