まず、上書きを必要とする理由を書いて欲しい。

俺だったら、まず$HOMEに入れることを考える。
大抵はこれで事が済む。

/usr/localに入れるとしても、
/usr/local/bin/pythonは消して、/usr/local/bin/python2.5だけ残す。

（初期状態だと、/usr/local/binにはPATHが通ってないと思うが、念のため）
（あとPATHがゴチャゴチャしてきた時の防御にもなる）

/usrのは絶対さわらない。