>>2
無理。
Jarのマニフェストファイルに記述された内容は【Runtime起動後、アプリ軌道前に適用される】んだから、渡せる方がおかしいだろ？
起動用のbatファイルを提供するのが一般的。
どうしてもダメならばJava内でRuntime.exec() あたりを使い、別のVMを起動する（この時に-Xmx512M等を指定する）