byte[] A = new byte[] {0x00, 0x01, 0x02, 0x03, 0x04, 0x05, 0x06, 0x07};
byte[] B = new byte[] {0x03, 0x04, 0x05};
string a = System.Text.Encoding.ASCII.GetString(A);
string b = System.Text.Encoding.ASCII.GetString(B);
a.IndexOf(b)

Encoding.ASCIIで、バイト列がそのまま文字列になるなら、これでいけると思うけど。
だめなら、素直にforでまわすとか。