system32/syswow64に入らないのなら自動呼び分けはないんじゃないかな
シングルトンで実装させれば使う側は気にしなくてすむようになるけど
DLL検索パスを利用してうまいことやればdll名だけ違うDllImportとか書かなくてもなんとかなるかな