GlassfishはSun主導のオープンソースプロジェクトで作られている。
TomcatはApache Software Foundationで作られている。

GlassfishはJavaEE仕様完全準拠のフルスタック。
Tomcatは基本的にWebコンテナ+JNDIサービスのみ。

GlassfishにTomcatそのものがそのまま含まれているわけではない。
ただし、両者には共通するコードは多く含まれている。

両者ともオープンソースソフトウェアなので、コードの再利用が認められているからだ。
俺はTomcatは「アプリケーションサーバ」でいいと思うよ。