マモリリークしてディスクスワップ & ページフォルト発生してんじゃないかと。

あとインスタンス変数を参照するより new でヒープ割り当てる方がよほど遅い。
ローカル変数 (スタック変数) からインスタンス変数へ切り替えたって事は
ループの奥底でこんな事になってんじゃないかと。

for(…){
  while(…){
     for(…){
       for(…){
         MyClass a = new MyClass();   // 元は int x, y, z, …
         MyClass b = new MyClass();
         MyClass c = new MyClass();
         …
>>333
状況や分野によりけりだけど 2〜3 人が 1〜 2 ヶ月程度かけて書く量かな。
嫌 OO のコピペ厨なら 1 週間って所だが。