>>885さん
ありがとうございます。サーバーへのアクセス件などはございます。
公の場で恐縮ですが、お言葉に甘えて説明させて頂きたいと思います。

あるPHPとはPukiWikiのプラグインでして、
wikiを更新した際、ページを自動的にHTMLファイルを生成するプラグインです。
ttp://lsx.sourceforge.jp/?Plugin%2Fdump2html.inc.php

生成されたhtmlファイル内のリンクも自動的にhtmlに書き換えるのですが、
トップへのリンクも　http://hogehoge.com/top.html　に書き換わります。

私が希望しているのは
トップへのリンクは http://hogehoge.com/ に変換して欲しいのです。

リンクを書き換えている箇所を探し
if リンクが$GLOBALS['defaultpage']　ならなにもしないっとしたかったのですが
その箇所を見つけ出す事すら叶いませんでした。

恐らく >>885さんでさえ、ソースをよく読み、作りを理解する所から入ると思うと
多大な労力が必要とし真に恐縮ですが、どうかよろしくお願いいたします