XProlog とかどうだろう。
XML で Prolog を書くの。

hogehoge(X, Y) :- X=Y.

を

<def>
<head id="hogehoge"><var id="X"/><var id="Y"/></head>
<goal><eq><var id="X"/><var id="Y"/></eq></goal>
<def/>

みたいにするとか。