SVNでディレクトリを管理すると(個人的には致命的な)欠点もある。

svn co file://repos/branches/br1
svn rm br1/dir
svn ci br1

svn co file://repos/branches/br2
svn add br2/dir/file.txt
svn ci br2

svn merge file://repos/branches/br1 .

これするとfile.txtディレクトリごとfile.txtも消えてしまう。
消えて良い場合もあるが悪い場合もある。
その点、hg, gitはディレクトリ管理しないので、
マージした結果ディレクトリにファイルがなければ
ディレクトリが消える仕様なので理にかなっている。