svn delete してsvn addしたら変更追跡がえらいめんどうなような。

(1)working copy と共有フォルダをrsyncとかで同期する
(2)新しく追加されたファイル・ディレクトリを svn add する
(3)削除されたファイル・ディレクトリを svn delete する
(4) svn commit

とするべき。
んで(2)と(3)をやる方法を考えるべきだと思う。