ってか、システムにファイルを通す際に必ず同じプロセスを通過するようにすればいいんじゃないかなあ。

ファイルコピー→＜ファイルチェックプロセス＞→ディスク
って感じで。
ファイルサイズとかハッシュが同じファイルを通そうとしたら弾くとか。