いわゆる AT 互換機だと INT 8 のハードウェア割り込み使って得られる精度は 55msec。
Win32 API 使っても 10〜20msec くらい。CPU クロック使えばもっと正確なの出せるだろうけど。
ナノ秒必要なの (正確に測れるの) って電話の交換機とかの環境。