メインループとそれに付随する処理だけメインソースに書いて
それ以外はなるべくgosubで処理するようにする。
で、メインソースの最終行にstopとサブルーチンを纏めたサブソースをincludeする。
関数も一まとめにして別ソースに分けてメインソースの最初の方でincludeする。
定数定義とかAPIとかモジュール宣言も、それぞれ別ソースに一まとめにしてinclude。
処理の流れはメインソース見れば分かるのでとりあえず問題ナシ。

こんな感じで書いてる俺。