open(FILE, "> ".$file) || die;
foreach my $key ( keys %{$data} ){
　　　　print FILE join("\t", $key, $data->{$key}, "\n");
}
close FILE;

を

foreach my $key ( keys %{$data} ){
　　　　$temp .= join("\t", $key, $data->{$key}, "\n");
}
open(FILE, "> ".$file) || die;
print FILE $temp;
close FILE;

にするとHDDにかかる負荷が減ったりしますか？
それとも余分にメモリ食うだけでしょうか