> このように設計したのですがもっと綺麗に出来る設計はあるでしょうか？

今のままでいいんじゃない？

> bookmark_last_noをインクリメントするのはModelで行うべきでしょうか、
> それともControllerで行うべきでしょうか。

どっちでも良いけど、この場合はcontrollerだろな