たとえばプラグインフォルダ指定されたときに、ファイルをなめて
ファイル名（アセンブリ名と同じというルールで）を一覧で取得して、
LoadFromでいったん全部読み込んでから処理とかじゃだめ？

あるいはPrivateBinPathにプラグインフォルダを追加して、
同じようにファイル名取得してLoadで読んでから。
まあこれはサブディレクトリの場合しかできないけど。