どうやら文字コードが原因だったみたいです。
自作のxmlはShift_JISで、正常に読み込める方のxmlはUTF-8で保存されたものでした。
なんでShift_JISでダメなのかはよく分かりませんが、とりあえずUTF-8で書くことでやっていきたいと思います。
ありがとうございました。