Preferencesを設定するGUIって普通作らない部類だからなぁ
多いとは思えない

アプリでいくらでも上書きできるから、ちょっとした保存くらいにしか使い道がないと思うんだけど
そういうアプリとなると通常Windowsがメイン環境になるし、設定箇所なんてWindowの位置保存程度だろう
ならばレジストリ直接開いたほうが速い

意味のある値ならばxmlなり別ファイルにするはず
ただし、選んだ部分を一気に出してほしいというインターフェースはわりとある
その場合、右側のペインにもちゃんとスクロールバーつけといてね
特に難しいことではないので高機能ってのがわからんのだが、ここが便利！という売り文句がないと難しいぞ