あ、0と1が反対だった

glEnable(GL_LINE_STIPPLE);
glColor4ubv(color0);
glLineStipple(factor,pattern^0xFFFF);
線の描画
glColor4ubv(color1);
glLineStipple(factor,pattern);
線の描画

描画を２回呼ばないといけないので、>>379のような関数の形では無理