>>971
＞if(m%3 == 0)
＞ {total = total + m;
＞ {while(m<=n)
＞ m = m + 3;}
＞ printf("%d",total);}
↑ここは入力ミス（ブロックのくくりミス）だと思うからとりあえず置いといて

＞else if(m%3 == 2)
＞ {while(m<=n)
＞ {total = total + X;
＞ X = m + 1;
＞ m = m + 3;}
＞ printf("%d",total);}

ちゃんと脳内トレースすれば分かると思うけど、
ループ条件のチェックが"足す前"に行われている。
Xにm+1が代入されて、それが足される前にm+=3して条件チェックしちゃってるから、
m+1 <= n < m+3
になってると、while条件でXが足される前にループ抜けちゃう。
さらにいえば、ここでの条件チェックはm+1<=nとかX<=nとかすべき
（mがn以下であるからといってm+1がn以下とは限らない）
一例としては、
else if(m%3 == 2){
while(m+1 <= n){
total += m + 1;
m += 3;
}
printf("%d",total);
}
まあ、for使った方が分かりやすいかもね。