WM_KEYDOWN を受け取ろうとしているウィンドウにフォーカスが当たってないんじゃない？
たとえば、ダイアログ上のエディットボックスでキーを押した場合、
WM_KEYDOWN が飛んでくるのはダイアログじゃなくてエディットボックス