>>708
最後の空行だけを削除したいってんなら、

Dim str as String = System.IO.File.ReadAllText(filepath)
Dim output as String = str.Replace(vbCrLf & vbCrLf , vbCrLf)

Call System.IO.File.AppendAllText(newfilepath , output)

こんなんでどうでしょうか？