null を代入してその配列をどこからも見えなくすれば消える
たくさんの程度によるけど、デフォルトではたしかヒープの最大が 64MB なので、同時使用量がそれを超えるようなら、ヒープを増やすしかない
ヒープを増やす場合は java コマンドでクラス名の前に -Xmx○○○m オプションを付ける （○○○はメガバイト数）