そりゃぁ、どこかでAパネルを受け取らないとだめだろう。
class A extends JPanel 〜{
　 　 B newwindow = new B(this);
}
class B extends JFrame 〜{
　 　 B(A apanel){
　 　 　 　 this.setLocationRelativeTo(apanel);
　 　 }
}