ありがとうございます。
Socketを使って起動停止を指示する方法は思いつきませんでした。
Guiは使わない予定でして、
コマンドラインから実行して、
プログラムが終了するまでコマンドプロンプトが起動しっぱなしというのではなく、
バックグラウンドで動いているようなイメージをしてるのです。（ログはファイルに落とす）
そういったプログラムってあんまりないんですかね？