サブスレッドからアプリケーションを直接終了させる設計は変じゃないか。
メインスレッドに何らかのメッセージを送って、メインスレッドからアプリケーションを終了すればよいじゃない。
面倒なら、少々強引だが、PostThreadMessageでメインスレッドに
直接WM_QUITを送りつけるのも。あまりお勧めしないが。