>>43,55
なんか、誰かさんと違って、感じが良くて教え甲斐のありそうなヤツだな。

オレだったらこう書く
print "引用番号： $1" if ($string =~ /(>>[0-9][0-9][0-9])/);

それ以外にも、
$string =~ /^(.*)(>>[0-9][0-9][0-9])(.*)$/);
と()で囲めば $` $& $' のかわりに $1,$2,$3 を使える。
オレは必要だと思ったらとにかく()で囲む。
他の人がどうだかは知らないけど。