じゃ、タグだけ取り出して、
$tag = str_replace('"', '', $tag);
とかで " を削除して、元の html にハメ込めばいいやん。

<body>
<a href="img/unko.jpg">"うんこ"の画像</a>
</body>

　　↓

１．<body> を取り出す ⇒ なにもしない。
２．<a href="img/unko.jpg"> を取り出す⇒ " を削って元にハメ込む。
３．</a> を取り出す ⇒ なにもしない。
４．</body> を取り出す ⇒ なにもしない。

　　↓

<body>
<a href=img/unko.jpg>"うんこ"の画像</a>
</body>

正規表現とか、そういう以前の、プログラミングの基礎の問題な気がする。