月などを2桁にしたいのなら、ViViだと以下のようにすればいい

:s/(\d{1,4})年(\d{1,2})月(\d{1,2})日 (\d{1,2}):(\d{1,2}):(\d{1,2})/format("%04d-%02d-%02d %02d:%02d:%02d", $1,$2,$3,$4,$5,$6)/e