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>端的に言えばMSルールに従うとポータブルにできない（exeの入ってるフォルダを
>コピーするだけでは設定はコピーされない）ってことだから。

Program Filesフォルダにexe置く時点でポータブルじゃないだろ。
そもそもexeと設定ファイルを1箇所にまとめたい場合は、Google Chromeみたいに
exeもApplication Dataに置けと言ってるらしいが。