>アプリ単位のバックアップが一般ユーザーには殆ど不可能

冷静に考えれば、一派ユーザが Program Files 以下の exe + ini を
バックアップしたところで、exe をリストアできないのだから無意味だろうに。
でもってProgram Files以外に配置すりゃ、全部解決するのだし。

むしろ AppData\Local\VirtualStore 以下に各個人のデータが
集中しているのだから、一般ユーザが自分のデータをバックアップする上では
むしろ便利になっているだろうに。

>既存のルールを破壊してまで
これも「exe直下にiniを保存する」なんてルールはMSは定めてない罠。
ini 操作用APIは、iniをWindowsフォルダに置く仕様になっとるだろうに。