ttp://fareast-it.txt-nifty.com/blog/2007/03/vista_e29a.html

さらにVistaではProgram Files内のプログラムが自分の階層下に
iniファイル等でセーブデータを作る事が原則的にできなくなってしまいました。
iniファイルを利用するのは、複数ユーザーの事を考えるとあまり行儀のよい事ではないのは確かでしょうが、
ユーザー名のフォルダを用意すれば問題は解決するわけです。
なによりDocuments and SettingsやらUsersやレジストリ内のHKCU\Software\会社名\アプリ名\などといった
意味不明な場所にアプリケーションの設定情報が散らばり、
実質アプリ単位のバックアップが一般ユーザーには殆ど不可能という状態に比べれば、
特に他アプリとの連携を考えないならiniファイルを使った方がよほどマシと思えるのは私だけではないはずです。
HDDのサイズが肥大化し全バックアップという手段が現実的でなく、
アプリにインストール情報をバックアップする機能がない現状を考えると、
レジストリやユーザーフォルダを利用させるMSのスタイルはアタマがちょっとおかしいとすら感じられます。
そしてそこまでユーザーの利便性を損ねてまで得たセキュリティが
Program Files内のデータはとりあえず上書きされませんというだけのことです。
そんなことをする奴が過去にそれほどいたとは思えないし、仮にウイルスがデータ破壊をはじめたとしても、
Program Files内のプログラム本体など再インストールすれば済む問題で、
本当に重要な取り返しのつかないデータはそんな場所にありはしない！

どうしてもやりたいならならば、複数ユーザーで利用するカーネルに近いプログラムのみ
強い保護のある中にインストールさせ、一般ユーザーが使うゲームや趣味のアプリなどは
既存のルールのまま動作させるのが筋でしょう。Windowsフォルダ内にSystem Program等といったフォルダを
新規に作るなりすれば良いだけの話です。なぜ既存のルールを破壊してまで
実用性のないセキュリティ機能をユーザーに押しつけようとするのか。
全くユーザーが見えていない証拠です。